Bir senaryo 3D olarak filme alınacaksa çekim ve derinlik senaryoları 3D etkisini daha çok belli edecek şekilde hazırlanır, kamera ve objektif hareketleri ona uygun olarak belirlenir. Postproduction sırasında neler yapılacağı yada hangi sıkıntılar yaşanacağı gibi öngörüler çekime yön verir. Tüm bunları yönetmen ,görüntü yönetmeni ve kameramanla beraber “Stereographer” denen 3D uzmanları yaparlar. Sadece montaj yapılmaz üç boyut hissi vurgulanacak yerler tekrar kontrol edilir. Renklerle ve resimlerin birbirleriyle olan mesafeleri ile oynayarak derinliğin perdenin, önü ortası ve arkasına doğru gibi etkiler defalarca denenir. Haliyle bu süreç boyunca tüm ekip 3D gözlüklerle çalışır. İki görüş açısının iyi hesaplanıp kameraların aynı noktaya odaklanması gerekir. Kameralar aynı zamanda hareket etmelidir. Aksi takdirde görüntüler eşlenemez. Günümüzde ise 3D film çekimlerinde kullanılan kameralar, istenmeyen herhangi bir hareketi ya da farklılığı engellemek için birbirine sabitlenmiş şekildedir.

Çok hızlı kamera hareketleri 3 boyutlu sinema için uygun değildir. Çünkü iki görüntünün getirdiği algılama süresi 2 boyutlu tek görüntüye göre çok daha fazla olacaktır. İzleyicinin gözü ve beyni bununla meşgulken bir de hızlı kamera hareketleri görüntünün algılanmasını daha da zorlaştıracaktır.

Ayrıca 3D film yapımcılarının çok sevdiği, seyirciye perdeden bir şeyler fırlatma efektlerine (iki kameranın açılarının kesiştiği odak noktasıyla kameralar arasındaki objeler ekrandan dışarı fırlayacaktır, dolayısıyla kameraya doğru bir şey fırlatıldığında aslında seyircinin burnunun dibine kadar ulaşacaktır) dikkat edilmesi gerekir. Bu konuda iki farklı görüş var. House of Wax’in yönetmeni Andre de Toth; “seyirciye bir şeyler fırlatmak, seyircinin sadece bir hikayeyi izlememesi, onun hikayenin içine dâhil edilmesi için yapılır” derken; Jaws 3-D’nin yapımcısı Rupert Hitzig: eğer ekran önüne taşan sahneler seyirciye gerçek bir hikaye izlediğini unutturup, bir filmde olduğunu hissettiriyorsa hiç yapılmaması daha iyidir” görüşünü savunur.

3D çekim yaparken diğer önemli bir konu da, sağ ve sol göze gelen iki görüntüdeki objelerin kenarlarının kadrajında dışında kalarak kesilmesidir. Bu durumda beyin iki görüntüyü birleştirmekte zorlanacak ve seyircide “retinal rivalry” denen durum oluşarak göz ağısına neden olacaktır.

3D sinemada görüntüyü kadrajın için tutmak oldukça zordur. Özellikle de 3D sinemanın en etkileyici yanının perde dışına fırlayan görüntüler olduğu hesaba katılmalıdır. Bu durumda yapılacak şey, seyircinin odaklanacağı önemli objeleri, hareketin olduğu alanları, kameraya yakın tutarak, ekranın içinde tutmaya çalışmak; arka plandaki, seyircinin odaklanmadığı alanlardan gerekirse feragat etmektir.

3D sinemada yüksek kontrasttan kaçınılmalıdır. Koyu siyah alanların 3D’ded ayırt edilmesi zorken, parlak alanlar da ghosting (hayalet) görüntüsü oluşturur.

Ayrıca ne kadar dikkat edilirse edilsin crosstalk (çift görüntü) gibi sorunlar oluşacaktır. Bunun nedeni kalitesiz 3D gözlükler, sinema perdesi, ya da projeksiyon cihazı olabilir. Bu yüzden sahnedeki derinlik algısının ışık, gölge ve nesnelerle zenginleştirilmesi gerekir.

Zoom yapılırken dikkat edilmesi gerekir. konverjans çekim yapılıyorsa, interaksiyal mesafe azalır, bu da alan derinliğini düşürür. 2 boyutlu görüntüde arka planın flu olması bir tercih nedeniyken 3D’de ise sığ alan derinliği genellikle bir kafa karıştırıcı stereoskopik görüntü demektir. Bir sahnenin farklı bölümlerine baktığımızda, gözler neye baktığımıza odaklanır. Bu nedenle, 3D yapımlarda sığ alan derinliği derinliği görsel karışıklığa ve göz yorgunluğuna yol açabilir. Alan derinliği kullanmak yerine, daha iyi bir çözüm olarak çerçeve içerisinde gözü yönlendirmek için aydınlatma ve gölge teknikleri kullanılmalıdır.

3D filmlerin kurguları yapılırken planların çok kısa veya çok uzun tutulmaması tercih edilir. Kısa planlar çok hızlı geçip algıyı zorlaştırabilir. Uzun planlar ise izleyici filmden kopabilir.